Dimağ tümörlerindeki genetik mutasyonlar makine öğrenmesiyle belirleniyor

‘Beyin Zarı Tümörlerinin Genetik Alt Tiplerinin Noninvaziv Belirlenmesi Emelli İleri Manyetik Rezonans Görüntüleme ve Makine Öğrenme Temelli Eser Geliştirilmesi’ başlıklı TÜBİTAK 1001 girişimi kapsamında yürütülen çalışma hakkında haber veren Doç. Dr. Esin Öztürk Işık, meningiomların 40 yaş ve üstü erişkinlerde %35 nispeti ile en sık görülen ve %80’i yeterli huylu davranan dimağ zarı tümörleri olup, Türkiye’de son yıllarda binlerce kimseyi etkilediğini aktardı.

Doç. Dr. Öztürk Işık, laf konusu araştırmada manyetik rezonans görüntüleme olgularını derin öğrenme algoritmaları yoluyla tahlil ettiklerini şöyle aktardı: 

‘’Beyin zarı tümörü olan meningiomlar, yaşlı bireylerde daha sık görülüyor ve yaş ortalaması mütemadi artan topluluğumuzda giderek daha fazla kıymet kazanan bir sıhhat meselesine dönüşüyor. Dimağ zarı tümörlerinin %80’i uygun huylu ve aşama I iken, aşama III olanlar süratle büyüme ve etraf dokuya yayılma eğilimindeler. 

Son yıllarda dimağ tümörü biyolojisini daha uygun anlamada çeşitli genetik biyobelirteçler öne çıkmış durumda. Bu belirteçler dimağ tümörü sınıflandırma kriterlerine eklenmişlerdir. Bu genetik biyobelirteçler, dimağ tümörlerini teşhis etmek ve tümör biyolojilerini, tedavi karşılıklarını, nüks paternlerini ve hayatta kalma nispetlerini daha yanlışsız iddia etmek için günümüzde klinikte büyük kıymet kazanmışlardır. Meningomların %60’dan fazlasının nörofibromatozis tip 2 (NF2) gen bozuklukları sonucu ortaya çıktıkları biliniyor. Moleküler çalışmalar, NF2 değişikliği taşıyan ve meningiomların büyük kısmını oluşturan bu moleküler alt kümenin “kromozomal instabilite” taşıdığını ve bu tümörlerin devir içinde daha berbat davranışlı, etraf dokuları istila eden ve süratli büyüyen formlara dönüşebildiklerini göstermiştir. Meningiomlarda NF2 genindeki değişikliğin ameliyat ya da radyoterapi üzere tedavi usullerinin uygulanması öncesinde bilinmesi, tedavi kararını ve tedavi biçimini sarih halde etkileme potansiyeli taşımaktadır. Meningiomlarda NF2 mutasyonu haberini non-invaziv biçimde verebilecek bir eser hâlihazırda mevcut değildir’’. 

Dimağ zarı tümörleri ameliyat öncesi tespit edilecek 

Öztürk Işık, Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi’nde Prof. Dr. Alp Dinçer’in uyguladığı ileri manyetik rezonans görüntüleme (MRG) ölçümlerinden elde edilen bulguları biyoistatistiksel tahliller ve derin öğrenme algoritmalarıyla kıymetlendirerek, NF2 gen bozukluğu taşıyan dimağ zarı tümörlerini ameliyat öncesi tespit etmeyi amaçladıklarını aktardı. ‘’NF2 gen bozukluklarını ameliyat öncesi tespit edebilirsek tedavi planlamasına yardımcı olabileceğimizi düşünerek bu projeyi yazdık’ diye devam eden Doç. Dr. Öztürk Işık, derin öğrenme algoritmalarının bu iş için kullanılacağını kelamlarına ekledi. Doç. Dr. Öztürk Işık bu çerçevede, birinci etapta 100 meningiom hastasından alınan manyetik rezonans imajlarıyla, bilirkişiler tarafından yapılmış klinik değerlendirmelerin kullanılacağını belirtti. 

Ayrıyeten eş devirli olarak, Prof. Dr. Alp Dinçer’in yürütücülüğünde devam eden bir TÜBİTAK 1003 girişimi kapsamında, yeniden sık görülen bir dimağ tümörü olan gliomlarda, hasta sağ kalımını çok etkileyen izositrat dehidrogenaz (IDH) mutasyonunun tespiti için eser geliştirme üstüne emsal çalışmalar yürüttüklerini ve bu yerde deneyim sahibi olduklarını vurguladı. Öztürk Işık, bu girişimde de birinci etapta yaklaşık 200 hasta verisi kullanılacağını ekledi. 

Tıp ve mühendislik işbirliği kritik kıymet taşıyor 

Girişimin tıp ayağını Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Tıp Fakültesi Dahili Tıp Bilimleri Radyoloji Anabilim Dalı’ndan Prof. Dr. Alp Dinçer, Cerrahi Tıp Bilimleri Dimağ ve Hudut Cerrahisi Anabilim Dalı’ndan Prof. Dr. Koray Özduman, Prof. Dr. M. Necmettin Pamir, ve Dr. Tedrisat Hizmetlisi Murat Şakir Ekşi, ve Patoloji Anabilim Dalı’ndan Doç. Dr. Ayça Erşen Danyeli oluştururken, girişimin mühendislik ayağında Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi Biyomedikal Cihaz Teknolojisi kısmından Prof. Dr. Alpay Özcan ve Tıp Mühendisliği’nden Doç. Dr. Özge Can hizmet alıyor. 

İleri MR teknikleri için data alımı, manzara sürece ve tahlil yazılımları geliştiriliyor 

Boğaziçi Üniversitesi’nde 2015 yılında kurulan Biyomedikal Mühendisliği Enstitüsü Bilişimsel Görüntüleme Laboratuvarı’nda Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, İstanbul Üniversitesi, Ege Üniversitesi ve Yeditepe Üniversitesi ile çeşitli işbirlikleri çerçevesinde devam eden girişimler kapsamında, klinikte tabiplere yardımcı ileri MR görüntüleme teknolojilerinin geliştirilmesi ve kliniğe aktarımı için çalışmalar yürütülüyor.

Geri
Instagram
Facebook
Superbox